然而，毕竟孙元化和徐光启都是文人，不了解军队的特点，在创建新军的同时却存在两个重大失误，一是中层军官的选拔，二是军队纪律的约束。辽东兵的领兵军官一般还是毛文龙的旧部，这些人很多是海盗、囚徒出身，虽然打起仗来都是亡命之徒，但个人素质、修养、道德低下，而孙元化又不注重对他们的管束，自负的认为自己收留了这么多辽人，是对他们有恩，辽人自然就会对自己忠心，完全无视这些辽人军官会有什么个人想法。对军队的军事训练，孙元化可谓煞费苦心，聘请了西方的军事技术人员来帮助训练，部队的军事水平得到了逐步强化，但是他对部队的军纪却不加约束，这支部队并没有成为戚继光的戚家军那样，不仅作战勇猛，而且纪律严明秋毫不犯的威武仁义之师，它仍然是亦兵亦匪的一支军队，对于一支军队来说，纪律有时比精良的装备和单兵战斗素养更重要，更能形成强大的战斗力。孙元化像戚继光那样从军事上训练军队，即所谓的“练兵”了，可并没有像戚继光那样真正严格约束管理好军队，这无疑是种下了一个恶果。
崇祯四年，东江镇皮岛的士兵因为总兵黄龙克扣军饷发生了兵变，兵变很快因为粮饷的到来和兵变发起人的内讧自动平息了，兵变为孙元化敲响了警钟，可孙元化完全无视，朝中的大臣开始有人借此弹劾孙元化，也被他在朝中的靠山徐光启、周延儒等人摆平。
不管如何，作为辽东前线后勤、练兵基地的登州、莱州，此时兵强马壮，各种先进的武器、各种军事技术专家云集在此，大有厚积薄发，一举平定辽东的气势。一切看上去很美。
但是，一个巨大的阴影已经笼罩了过来……
5、蝴蝶的翅膀---一只鸡引发的兵变
崇祯四年八月，皇太极发现了明军在锦州附近的大凌河筑城是步步为营的进攻策略，八旗军的快速动员出击的能力再一次得到了体现，几乎一夜之间，刚刚修筑好城墙的大凌河城就被后金军包围，没有听从孙承宗撤退命令的总兵祖大寿与万余明军被围其中。祖大寿也有自己的打算，他想以坚守大凌河城，吸引住后金军的主力，如果外线的明军迅速来援，就里来个里应外合击败后金。可是，皇太极在明军炮火压制屡攻不克的情况下，迅速也调整了战术，对大凌河以围困为主，同时派遣部队准备打明援军，这就是著名战术的“围城打援”。交战双方都没有想到，本来是后金以毁城为目的的一次突袭战，却演变成了一次大会战，在明军的几次小规模援军被打退后后，明军开始组织数万兵力的大规模援军。大凌河所在的宁前道隶属登莱州管辖，朝廷急令巡抚孙元化发兵救援，为了向朝廷展示自己的练兵成果，也为了打破朝中大臣对他养兵不用的非议，他命令游击将军孔有德率一部经过训练的辽东兵携带重型火炮乘船横渡渤海，快速到辽东前线的耀州盐场（今营口）集结。
这是阴历的十月下旬，天已经转冷，渤海上的西北风一日强似一日，这对古代以风为动力的行船极为不利，初冬的渤海湾是可怕的，即使是现代，渤海湾的几次重大海难也是在这个时候发生。孔有德出海不久就遇上了大风浪，由于带着上千士兵和昂贵的武器，如果出现海难孔有德将罪责难逃，在此情况下，他不得不下令返航，但这令孙元化极为气愤，竟认为孔有德是以潮汐风向不利为借口畏敌怯阵，在孔有德的百般辩解下，孙元化令孔有德和千总李应元率部从陆路绕行渤海湾奔赴辽东前线，带着这么多的重武器，全靠畜力人力运送，至少要走月余，恐怕感到战场黄花菜都凉了，但为了打破朝廷的非议，这种援救的姿态还是要摆的，而交战双方的统帅此时都清楚，胜负就将在数日内决出。
一个多月后的闰十一月，孔有德的援兵队伍才走到了山东与河北交界的著名杂技之乡—吴桥，这还仅仅是骑兵和轻武器步兵部队，重炮部队还在后面数十里的新城，而在这一个月中，战局已经发生了重大变化，明军组织了4万人的援兵晓行夜宿驰援大凌河，在大凌河城外仅十五里的长山口，与后金军遭遇，明监军张春立刻组织部队形成了环形防御车阵，打退了后金多次疯狂的进攻后，后金第二代领导核心皇太极，亲率2万人马攻击明军的车阵，同时，由早期投降后金的汉人军官佟养性仿制的红夷大炮，第一次投入了战场，后金军队的一个崭新的战术—炮骑合击，开始初露端倪，反观明军，虽然人数占优但是大敌当前，两个军团长吴襄（吴三桂之父）、宋伟却仍闹不和，不相互支援，而天气也站在了后金的一边，风向突转让明军处于逆风，对火器的发挥造成不利，更严重的是在紧要关头一向受孙承宗器重的吴三桂等少壮派军官却率先临阵脱逃，明军终于“众不敌寡”，演变成了大溃败。自此，明军再也无力组织援军，听由大凌河城守军坐以待毙。而孙承宗稳健、不败的神话也就此打破，孙承宗被撤职遣返原籍河北高阳。而大凌河守将祖大寿不惜杀死副将何可纲诈降后，只身逃脱回到锦州。
这一切是孔有德的援军所不知道的，他们还在继续执行援辽的行军，可是这一年冬天的第一场大雪来了。吴桥县城并没有人过问、安排这一千多部队的食宿，一是连续多年自然灾害中国北方早已赤地千里，吴桥县没有这个财力劳军，再是明军尤其是辽东兵的涣散军纪、野蛮的作风，老百姓人人皆怕，惟恐躲之不急，而孔有德部一路上也是扰民不断、与地方上屡有摩擦，所以当孔有德部进入吴桥县城，县中百姓竟然家家闭户，商埠也关门打烊。孔有德的军队开始自筹粮草，无论是在吴桥还是在新城的孔有德部的士兵，竟都如土匪一般的闯入普通百姓家，抢夺食品，一时间哭叫声响彻了雪夜。其实这些士兵也是惧强凌弱，只敢抢劫老百姓，对深宅大院的官宦、商贾之家也不敢轻举妄动，但问题还是出现了，一名士兵闯入了一户看似普通的民居，强行索取一只鸡，这不是一只打鸣报时的大公鸡就是一只很能下蛋的老母鸡，所以鸡的主人坚决不给，双方起了争执后，鸡的主人被士兵暴打，鸡的主人本身并无权势，而他却是当地的山东望族王象春的家仆，海纳认为，这个人也决非一般的小厮、家丁，他在王象春家仆中的地位应当类似于《红楼梦》中的赖大之类的管家级奴仆， 所谓打狗也要看主人，这个王象春家是一个举人之家，家里出过十多个举人并在朝中做官，他家的奴仆被殴打、被抢劫，王家当然不会忍气吞声，定会依仗权势讨个说法。充其量就是一个团级军官的孔有德虽然骄横跋扈，当然惹不起这些权贵，被迫按照王家提出的处理办法，将肇事的士兵穿箭游营，这是一种仅次于斩首示众的军法。士兵们感到受了侮辱，群起闹事将王家的这个家仆杀死，这样一来王象春家更加不依不饶，让孔有德对带头闹事的士兵严惩不贷。
这些辽东兵其实也很令人同情，家乡被后金占领，家人被后金奴役，使他们无家可归，军队虽然是个栖身之所，但也处处受到克扣军饷的军官的欺压，作为人他们没有起码的尊严，愤恨使他们开始欺压比他们更加弱势的民众，而当他们在这个事件中又一次地感到侮辱后，积怨已经达到了临界点，这时，千总李应元的父亲李九成来了，在几个月前，孙元化派遣李九成携带银两去西北边塞上去买马，可是嗜赌如命的李九成却将公款在赌局上全部输光，正在盘桓着如何交差，看到这种士兵群情激奋的场面，李九成这个赌徒竟然铤而走险，开始唆使、煽动自己的儿子李应元和孔有德发动兵变，---他终于点燃了这个火药桶。很快，叛军连克鲁西南地区的攻陷陵县、临邑、商河的诸多州县，在鲁西南地区大肆掠夺，这些士兵正式变成了土匪。
一只南美洲亚马逊河流域热带雨林中的蝴蝶,偶尔扇动几下翅膀,可能在两周后引起美国得克萨斯的一场龙卷风。---这就是现代西方有名的蝴蝶效应理论，它观点是一个小的事情可能会最终引起大的波澜。
崇祯四年冬夜的吴桥县，因为一只鸡的归属引起的纠纷，竟让明朝苦心训练的一支军队反叛，而这次反叛又不是一次普通事件，它最终还会影响到明帝国的命运、乃至中国的命运。
在离京畿如此之近的地方闹起了兵变，而且兵变的士兵携带有当时最先进的武器，这不啻一个惊雷，朝廷敕令山东、登莱两巡抚迅速解决此事，刚刚用粮饷再次解决了皮岛兵变的孙元化，似乎并没有慌乱，按照他的经验，只要粮饷发足，并不追究责任，兵变就很快能够解决。他让孔有德率部回登州，一切都好商量。而且孙元化与山东巡抚余大成联合发布命令，从吴桥至登州一路州县，不得出兵阻击孔有德。孔有德似乎也听从了孙元化的命令，虽然一路还是抢掠不断，但还是向着登州方向归来。沿途州县也不敢拦截，让出通道让孔有德部通过，其中虽然孔有德部一度进入了当地驻军的伏击圈，由于没有攻击命令，使其逃脱，错失了歼灭叛军的良机，当孔有德走到莱州府时，以前与孔有德交往甚厚的莱州知府朱万成却紧闭城门，让孔有德绕城而过，他已经识破了孔有德的诡计。果然，来到登州城下的孔有德部，突然亮出了诈降的真面目，开始攻打登州城。
登州城从名将戚继光的祖父辈就开始修建、完善的军港重镇，它本来的作用是为了抗击倭寇，同时也是明朝的海军基地，登州城三面是依海边的山势峭壁而建的陆地城墙，城头排列着当时各种最先进的西洋火炮，一面是水城，城中有内港小海，停泊战船，尤其是不久前，朝鲜国王赠送给孙元化的40艘战船，此时应该也正停泊在港内（不知道有没有朝鲜著名的龟船）。城中的守军，一是由当时的军事理论家、登州总兵张可大率领的浙江兵，浙兵是一支有着戚家军传统的军队，二是，教授明军操作西方火器的葡萄牙军官团，三是与孔有德叛军同样出身的辽东兵。无论从城防设施，还是兵员素质，登州都可谓是固若金汤。但即使事情到了这个地步，孙元化还没有放弃招抚叛军的念头，这也束缚住了他自己的手脚，不敢放手与叛军坚决一战，在张可大的浙兵军团稍尝胜果后，孙元化就下令停战，叛军抓住这个机会反扑，击败了张可大。同时也俘获了很多登州城中的辽东兵，而且登州辽东兵开始出现了倒戈。
